Durante los años 2000 el Club Deportivo Universidad de Zaragoza fue el segundo filial del equipo conocido además como Real Zaragoza «C». El Deportivo Aragón es el filial del Real Zaragoza, el equipo sénior en la estructura del fútbol base del conjunto maño, y último escalafón antes de que los jugadores pasen al primer equipo. La cantera del Real Zaragoza está formada actualmente por los jugadores del Deportivo Aragón como primer filial, los equipos juveniles Real Zaragoza División de Honor Juvenil y Real Zaragoza Liga Nacional Juvenil, y los equipos Cadete, Infantil y Alevín «A» y «B» respectivamente, que entrenan y compiten habitualmente en la Ciudad Deportiva del Real Zaragoza.