Por otro lado, el Basconia se fundó como club independiente en 1913 y, desde 1997, ejerce como el segundo filial del club. Además, el club realiza ocasionalmente actos de apoyo al fútbol base vizcaíno; por ejemplo, disputó un partido amistoso frente al Celtic F. C. con el objeto de reunir beneficios para donarlos a los clubes de fútbol vizcaínos, que tuvieran contrato de conveniencia con el propio club. Históricamente, la cantera del Athletic está considerada como una de las más importantes del fútbol español, habiendo aportado nombres de gran relevancia en la historia de la Primera División española, tales como los técnicos Javier Clemente, Koldo Agirre, Iñaki Sáez y Ernesto Valverde o los futbolistas, José Ramón Alexanko, los hermanos Julio y Patxi Salinas, Rafael Alkorta, Genar Andrinua, Andoni Goikoetxea, Julen Guerrero, Fran Yeste, Aritz Aduriz, Andoni Iraola, o el campeón mundialista Fernando Llorente, camiseta holanda 2022 entre otros.