El color fue elegido por el entonces presidente del Comité Olímpico Español (C.O.E), Gonzalo Figueroa y Torres, Marqués de Villamejor, con motivo de los próximos Juegos Olímpicos a disputar en Amberes, que conformaría junto a un león rampante en amarillo, camiseta man city los colores de la bandera española. En el verano de 2006, el club disputa su cuarta final de la Copa Intertoto, cayendo contra el NK Maribor esloveno por un global de 2-3, lo cual le excluyó para jugar competiciones europeas en la temporada 2006-07. En esa misma temporada, las lesiones de gravedad de algunos jugadores y la marcha a mitad de temporada de Juan Román Riquelme desembocaron en una discreta primera vuelta del equipo, pero -entre otros factores- la recuperación de Pirès y los 19 goles de Forlán (quinto máximo goleador de Liga) permitieron cumplir con el objetivo de disputar competición europea sin pasar por la Intertoto.